In dem zweiten Teil von Helle Finsternis geht es um den Aufbau der Shinobi-Welt, der zum großen Teil bereits erfolgt ist. Die Familien bzw. Kinder der vorherigen Protagonisten haben ihre eigenen Ziele und wollen den Abschluss der Akademie machen. Doch nicht jeder von ihnen hat es in Konoha einfach.

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Während sie in Teams eingeteilt werden und auf Missionen gehen, um Menschen zu helfen und weitere Kriege zu vermeiden, steht ein großer Kampf bevor. Menschen fürchten die Dämonen, die es in ihre Welt geschaffen haben. Außerdem leitet ein Kage nicht mehr seine Stadt wie es einst der Fall war. Durch die ganzen Komplikationen leitet ein Rat, der nur aus einer handvoll von Menschen besteht, die Kage. Sie dienten nur als Berater, aber gehen insgeheim ihren eigenen Plänen nach, um die Welt zu verändern.

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"Verdorbenes muss zerstört werden, damit Fruchtbares entstehen kann" - ?